Школа №16 была создана в 1921 году путем слияния 7-го высшего начального училища города Минска и 28-й начальной белорусской школы.
В 1990 году школу возглавил А.Л. Стук, до этого в течение нескольких лет, преподававший в школе математику. С 1 сентября 1993 года на договорной основе с Белорусским государственным университетом СШ №16 была преобразована в школу-лицей. С БГУ были согласованы учебные планы по математике, физике, экологии, филологии.
На сегодняшний день общее количество мест в ГУО «Средняя школа №16 г. Минска» составляет 920 человек (пристройка рассчитана на 370 учащихся, основное здание – на 550).
